L'IDIBAPS es divideix en cinc àrees amb un total de 58 equips

L'Institut d'Investigacions Biomèdiques August Pi i Sunyer centra les seves investigacions en les següents àrees de la biomedicina:

	Àrea 1		Agressió biològica i mecanismes de resposta
	Àrea 2		Biopatologia i bioenginyeria respiratòria, cardiovascular i renal
	Àrea 3		Fetge, sistema digestiu i metabolisme
	Àrea 4		Neurociències clíniques i experimentals
	Àrea 5		Oncologia i hematologia
	Àrea 6		Salut internacional
			Estudis multicèntrics

Aquestes àrees, dividides en 58 equips, s'avaluen periòdicament seguint dos criteris. D'una banda, la seva producció científica, basada en els articles originals publicats en revistes científiques d'alt factor d'impacte (les citades en el Science Citation Index). I per una altra, en la capacitat d'obtenir recursos econòmics a través de convocatòries públiques i privades.