Formada por 8 equipos, esta área se centra en el estudio de tres partes vitales del organismo: el aparato respiratorio, el cardiovascular y el renal. Atiende las distintas patologías y riegos que afectan a estos sistemas. La mitad de los equipos se reparten entre el estudio de la hipertensión arterial, las enfermedades coronarias y la electrofisiología; los lípidos como factor de riesgo cardiovascular; y las enfermedades nefrourológicas y el trasplante de riñón. Los cinco equipos restantes están integrados en la Red Respira, en la que colaboran un gran número de centros estatales. Sus programas de investigación abarcan la inflamación y la reparación en las vías respiratorias, las bases moleculares de las infecciones respiratorias, la biopatología del cáncer de pulmón, los trastornos respiratorios del sueño y la insuficiencia respiratoria. La producción científica del Área 2 está avalada por un elevado factor de impacto.