Está formada por 6 equipos que investigan los mecanismos de respuesta a las agresiones biológicas desde múltiples puntos de vista. La actividad de esta área es muy diversa, aunque tiene dos vertientes principales. Por un lado, el estudio de los agentes infecciosos y tóxicos, y por otro, las reacciones inmunológicas e inflamatorias del organismo.

Entre otros temas de interés general, aquí es donde se atienden problemas tan importantes como las enfermedades retrovirales (sida) y la inmunología de los trasplantes. Pero la variedad temática de sus líneas de investigación también contempla aspectos como la expresión génica, la epidemiología, las enfermedades auto-inmunes y las técnicas analíticas de espectrometría de masas. El área de Agresión biológica y mecanismos de respuesta destaca por su capacidad para atraer inversiones, tanto públicas como privadas, y por su producción científica creciente.